Sözügedən təhsil olacağı 1969-cu ildə Azərbaycan Pedeqoji Universitetinin filialı kimi fəaliyyətə başlayıb, 1973-cü ildə isə müstəqil təhsil müəssisəsinə çevrilib.
1991-ci ildə isə Xankəndi işğal olunduqdan sonra universitet seperatçı rejimin nəzarətinə keçmişdi. İndi Xankəndi universiteti azərbaycanlı müəllim və tələbələri qarşılamağa hazırdır.